Nació el 26 de enero de 1813 en la ciudad de Santo Domingo.
Fue bautizado en la Iglesia de Santa Bárbara el 4 de febrero de 1813.
Hijo del comerciante español Juan José Duarte y de Manuela Díez, oriunda de El Seibo, República Dominicana, hija a su vez de padre español y madre dominicana.
Cuando las tropas del haitiano Toussaint Louverture llegaron al país en 1801, los Duarte viajan a Puerto Rico, donde nació su hijo Vicente Celestino. La familia regresó terminada la guerra de la Reconquista en 1809, cuando el país volvió a ser colonia española.
Siendo joven viajó a Estados Unidos y Europa.
Cursó estudios en España y se convirtió en el líder de la Trinitaria, una sociedad secreta de ideas independentistas.
En el año 1843, cuando se inicia la guerra de la Independencia contra la dominación haitiana, encabeza a los insurgentes. Fracasada la rebelión, de carácter liberal progresista, se exilia en Venezuela.
En 1844 vuelve tras la llamada que le hacen los dirigentes del movimiento iniciado el 27 de febrero, Bobadilla y Santana, para luchar por la independencia de la República Dominicana.
Llegó a la presidencia de la nueva República, pero por muy poco tiempo, ya que las desavenencias con Francisco del Rosario Sánchez le llevaron a ceder el poder tras el triunfo de la insurrección del general Pedro Santana. Los conservadores quisieron someter la nación a las potencias coloniales. Expulsado del país, se refugió nuevamente en Venezuela.
Con el triunfo de los independentistas dominicanos ofreció sus servicios a los nuevos dirigentes, quienes le encomendaron el desempeño de funciones diplomáticas.
El 24 de marzo de 1864, regresó a Santo Domingo para ponerse a las órdenes del gobierno restaurador en armas de Santiago de los Caballeros, que lo nombra su representante con la misión de obtener apoyo de Venezuela y otros países en la lucha contra España.
Juan Pablo Duarte falleció el 15 de julio de 1876 en Caracas. Se le reconoce como Padre de la Patria junto a Francisco del Rosario Sánchez y a Ramón Matías Mella.
